- Melanagromyza achilleacaulis
- Melanagromyza aenea
- Melanagromyza aeneoventris
- Melanagromyza albocilia
- Melanagromyza angeliciphaga
- Melanagromyza arnicarum
- Melanagromyza artemisiae
- Melanagromyza astragali
- Melanagromyza chaerophylli
- Melanagromyza cunctans
- Melanagromyza cuscutae
- Melanagromyza dettmeri
- Melanagromyza eriolepidis
- Melanagromyza eupatorii
- Melanagromyza fabae
- Melanagromyza ferulae
- Melanagromyza foeniculi
- Melanagromyza galegae
- Melanagromyza heracleana
- Melanagromyza lappae
- Melanagromyza limata
- Melanagromyza moatesi
- Melanagromyza nibletti
- Melanagromyza nigrissima
- Melanagromyza oligophaga
- Melanagromyza polemonii
- Melanagromyza pratensis
- Melanagromyza pubescens
- Melanagromyza sativae
- Melanagromyza siciliensis
- Melanagromyza sojae
- Melanagromyza submetallescens
- Melanagromyza symphyti
- Melanagromyza tripolii
- Melanagromyza tschirnhausi
- Melanagromyza verbasci