- Phytomyza abdita
- Phytomyza abdominalis
- Phytomyza achilleae
- Phytomyza achilleaececis
- Phytomyza aconitella
- Phytomyza aconiti
- Phytomyza aconitophila
- Phytomyza actaeae
- Phytomyza adenostylis
- Phytomyza adjuncta
- Phytomyza aegopodii
- Phytomyza affinis
- Phytomyza agromyzina
- Phytomyza albiceps
- Phytomyza albifrons
- Phytomyza albimargo
- Phytomyza albipennis
- Phytomyza alpina
- Phytomyza alyssi
- Phytomyza anemonantheae
- Phytomyza anemones
- Phytomyza angelicae
- Phytomyza angelicastri
- Phytomyza angelicivora
- Phytomyza antennariae
- Phytomyza aphyllae
- Phytomyza aposeridis
- Phytomyza aquilegiae
- Phytomyza aquilonia
- Phytomyza araciocecis
- Phytomyza archangelicae
- Phytomyza arnicae
- Phytomyza arnicicola
- Phytomyza aronici
- Phytomyza artemisivora
- Phytomyza astrantiae
- Phytomyza athamantae
- Phytomyza aurei
- Phytomyza autumnalis
- Phytomyza bellidina
- Phytomyza bipunctata
- Phytomyza biseta
- Phytomyza brevifacies
- Phytomyza brischkei
- Phytomyza brunnipes
- Phytomyza buhriana
- Phytomyza buhriella
- Phytomyza bupleuri
- Phytomyza burchardi
- Phytomyza callianthemi
- Phytomyza calthae
- Phytomyza calthivora
- Phytomyza calthophila
- Phytomyza campanulae
- Phytomyza camuna
- Phytomyza caulinaris
- Phytomyza cecidonomia
- Phytomyza chaerophylli
- Phytomyza chaerophylliana
- Phytomyza cicutae
- Phytomyza cicutivora
- Phytomyza cineracea
- Phytomyza cinerea
- Phytomyza cirrhosae
- Phytomyza cirsii
- Phytomyza cirsiophaga
- Phytomyza clematidicaulis
- Phytomyza clematidis
- Phytomyza conii
- Phytomyza coniopais
- Phytomyza continua
- Phytomyza conyzae
- Phytomyza cortusifolii
- Phytomyza corvimontana
- Phytomyza crassiseta
- Phytomyza cytisi
- Phytomyza dalmatiensis
- Phytomyza digitalis
- Phytomyza diversicornis
- Phytomyza doronici
- Phytomyza elsae
- Phytomyza enigmoides
- Phytomyza erigerophila
- Phytomyza eupatorii
- Phytomyza evanescens
- Phytomyza facialis
- Phytomyza fallaciosa
- Phytomyza farfarae
- Phytomyza ferulae
- Phytomyza ferulae scaligeriae
- Phytomyza ferulivora
- Phytomyza flavicornis
- Phytomyza flavofemorata
- Phytomyza franzii
- Phytomyza fulgens
- Phytomyza glabra
- Phytomyza glechomae
- Phytomyza globulariae
- Phytomyza griffithsi
- Phytomyza gymnostoma
- Phytomyza heckfordi
- Phytomyza hedingi
- Phytomyza hellebori
- Phytomyza hendeli
- Phytomyza heracleana
- Phytomyza heringiana
- Phytomyza heterophylli
- Phytomyza homogyneae
- Phytomyza hoppi
- Phytomyza ignota
- Phytomyza ilicis
- Phytomyza isais
- Phytomyza jonaitisi
- Phytomyza jucunda
- Phytomyza kaltenbachi
- Phytomyza krygeri
- Phytomyza kyffhusana
- Phytomyza lappae
- Phytomyza lappivora
- Phytomyza latifolii
- Phytomyza leucanthemi
- Phytomyza libanotidis
- Phytomyza linguae
- Phytomyza lithospermi
- Phytomyza lycopi
- Phytomyza marginella
- Phytomyza medicaginis
- Phytomyza melana
- Phytomyza minuscula
- Phytomyza monori
- Phytomyza montana
- Phytomyza murina
- Phytomyza mutellinae
- Phytomyza mylini
- Phytomyza myosotica
- Phytomyza narcissiflorae
- Phytomyza nepetae
- Phytomyza nigricoxa
- Phytomyza nigrifemur
- Phytomyza nigripennis
- Phytomyza nigritella
- Phytomyza nigritula
- Phytomyza nigroorbitalis
- Phytomyza notata
- Phytomyza novitzkyi
- Phytomyza nowakowskiana
- Phytomyza obscura
- Phytomyza obscurella
- Phytomyza oenanthica
- Phytomyza oreophila
- Phytomyza origani
- Phytomyza orobanchia
- Phytomyza palionisi
- Phytomyza pauliloewii
- Phytomyza pedicularifolii
- Phytomyza penicilla
- Phytomyza permutata
- Phytomyza petoei
- Phytomyza peucedani
- Phytomyza phellandrii
- Phytomyza phillyreae
- Phytomyza picridocecis
- Phytomyza pieninica
- Phytomyza pimpinellae
- Phytomyza plantaginis
- Phytomyza platonoffi
- Phytomyza podagrariae
- Phytomyza ptarmicae
- Phytomyza pubicornis
- Phytomyza pullula
- Phytomyza pulmonariae
- Phytomyza pulsatillae
- Phytomyza pulsatillicola
- Phytomyza ranunculi
- Phytomyza ranunculicola
- Phytomyza ranunculivora
- Phytomyza rapunculi
- Phytomyza rectae
- Phytomyza rhodiolae
- Phytomyza rhodopaea
- Phytomyza robustella
- Phytomyza rostrata
- Phytomyza rufescens
- Phytomyza rufipes
- Phytomyza rydeni
- Phytomyza salviae
- Phytomyza scotina
- Phytomyza sedi
- Phytomyza sedicola
- Phytomyza selini
- Phytomyza senecionis
- Phytomyza seseleos
- Phytomyza sii
- Phytomyza silai
- Phytomyza sitchensis
- Phytomyza smyrnii
- Phytomyza socia
- Phytomyza soenderupi
- Phytomyza soenderupiella
- Phytomyza solidaginis
- Phytomyza sphondyliivora
- Phytomyza spinaciae
- Phytomyza spoliata
- Phytomyza spondylii & pastinacae
- Phytomyza stolonigena
- Phytomyza subrostrata
- Phytomyza tanaceti
- Phytomyza taraxaci
- Phytomyza tenella
- Phytomyza tetrasticha
- Phytomyza thalictri
- Phytomyza thalictricola
- Phytomyza thymi
- Phytomyza thysselini
- Phytomyza thysselinivora
- Phytomyza torilisi
- Phytomyza trollii
- Phytomyza trolliicaulis
- Phytomyza trolliivora
- Phytomyza trolliophila
- Phytomyza tussilaginis
- Phytomyza varipes
- Phytomyza veronicicola
- Phytomyza vilnensis
- Phytomyza virgaureae
- Phytomyza virosae
- Phytomyza vitalbae
- Phytomyza wahlgreni
- Phytomyza zarzyckii