- Capnodiales
- Dothideales
- Englerulaceae
- Microthyriales
- Mycosphaerellales
- Mycosphaerellaceae
- Asperisporium
- Caryophylloseptoria
- Cercospora
- Cercosporella
- Chuppomyces
- Davidiella
- Didymaria
- Dothistroma
- Exutisphaerella
- Filiella
- Fulvia
- Fusicladiella
- Fusoidiella
- Graminopassalora
- Isariopsis
- Lecanosticta
- Mycosphaerella
- Neocercospora
- Neocercosporidium
- Neoovularia
- Neopassalora
- Neophloeospora
- Neopseudocercosporella
- Nothopseudocercospora
- Ovularia
- Paracercosporidium
- Passalora
- Phacellium
- Phaeoramularia
- Phloeospora
- Polythrincium
- Pseudocercospora
- Pseudocercosporella
- Ragnhildiana
- Ramularia
- Ramulariopsis
- Rhabdospora
- Rosisphaerella
- Ruptoseptoria
- Scolecostigmina
- Septocylindrium
- Septoria
- Sirosporium
- Sphaerella
- Sphaerulina
- Stigmina
- Zygoseptoria
- Zymoseptoria
- Schizothyriaceae
- Teratosphaeriaceae
- Mycosphaerellaceae
- Polystomellaceae
- Pseudoperisporiaceae