- Cryphonectriaceae
- Diaporthaceae
- Diaporthe
- Phomopsis
- Phomopsis abietina
- Phomopsis amygdaliana
- Phomopsis begoniae
- Phomopsis caryophylli
- Phomopsis cinerascens
- Phomopsis clethrae
- Phomopsis coffeae
- Phomopsis dauci
- Phomopsis ericaceana
- Phomopsis eriobotryae
- Phomopsis fragosoana
- Phomopsis juglandina
- Phomopsis kalmiae
- Phomopsis latifolia
- Phomopsis laurella
- Phomopsis lavandulae
- Phomopsis lavitskii
- Phomopsis lentisci
- Phomopsis oxalina
- Phomopsis phellodendri
- Phomopsis phillyreae
- Phomopsis pittospori
- Phomopsis rhynchosiae
- Phomopsis scutellariae
- Phomopsis skimmiae
- Phomopsis tirrenica
- Stenocarpella
- Diaporthales incertae sedis
- Gnomoniaceae
- Juglanconidaceae
- Melanconiaceae
- Melanconiellaceae
- Schizoparmaceae
- Sydowiellaceae
- Tubakiaceae
- Valsaceae