- Microbotryum anomalum
- Microbotryum aviculare
- Microbotryum betonicae
- Microbotryum bistortarum
- Microbotryum bosniacum
- Microbotryum cardui
- Microbotryum carthusianorum
- Microbotryum chloranthae-verrucosum
- Microbotryum cichorii
- Microbotryum cordae
- Microbotryum coronariae
- Microbotryum dianthorum
- Microbotryum duriaeanum
- Microbotryum flosculorum
- Microbotryum goeppertianum
- Microbotryum heliospermae
- Microbotryum holostei
- Microbotryum intermedium
- Microbotryum jehudanum
- Microbotryum koenigiae
- Microbotryum kuehneanum
- Microbotryum lagerheimii
- Microbotryum lychnidis-dioicae
- Microbotryum majus
- Microbotryum marginale
- Microbotryum minuartiae
- Microbotryum moenchiae-manticae
- Microbotryum nannfeldtii
- Microbotryum nepalense
- Microbotryum nivale
- Microbotryum onopordi
- Microbotryum parlatorei
- Microbotryum picaceum
- Microbotryum pinguiculae
- Microbotryum piperi
- Microbotryum primulae
- Microbotryum pustulatum
- Microbotryum reticulatum
- Microbotryum salviae
- Microbotryum saponariae
- Microbotryum saponariorum
- Microbotryum scabiosae
- Microbotryum scolymi
- Microbotryum scorzonerae
- Microbotryum shykoffianum
- Microbotryum silenes-acaulis
- Microbotryum silenes-dioicae
- Microbotryum silenes-inflatae
- Microbotryum silenes-saxifragae
- Microbotryum silybum
- Microbotryum stellariae
- Microbotryum stygium
- Microbotryum succisae
- Microbotryum superbum
- Microbotryum tragopogonis-pratensis
- Microbotryum vinosum
- Microbotryum violaceoirregulare
- Microbotryum violaceoverrucosum
- Microbotryum violaceum
- Microbotryum warmingii