- Ascomycota
- Ascomycota incertae sedis
- Acremoniella
- Acrodictyopsis
- Acrodontiella
- Actinocladium
- Actinothyrium
- Acumispora
- Ampulliferina
- Apiocarpella
- Arachnophora
- Arthrobotryum
- Bactridium
- Bactrodesmiella
- Balanium
- Belemnospora
- Botryosporium
- Brachydesmiella
- Briosia
- Camarographium
- Ceratocladium
- Ceratosporella
- Chaetasbolisia
- Chaetendophragmia
- Chaetopsis
- Chaetopyrena
- Chaetospermum
- Cheilaria
- Cheirospora
- Chuppia
- Coniothecium
- Coremiella
- Corynesporopsis
- Cryptomycella
- Cryptomycina
- Cryptosporium
- Cubasina
- Cytoplacosphaeria
- Dictyopolyschema
- Diplodiella
- Diploplenodomus
- Discogloeum
- Domingoella
- Ectostroma
- Endoconospora
- Endophragmia
- Excipularia
- Exosporium
- Fujimyces
- Fusamen
- Fusichalara
- Fusoma
- Gonatobotryum
- Graphiothecium
- Gyoerffyella
- Haplariopsis
- Haplobasidion
- Henicospora
- Hormiactella
- Hyalocamposporium
- Hymenopsis
- Hymenula
- Isthmolongispora
- Jahniella
- Junctospora
- Lobatopedis
- Microcyclospora
- Microdiscula
- Minimelanolocus
- Minimidochium
- Miricatena
- Monodidymaria
- Myriellina
- Myxosporium
- Myxothyrium
- Naemospora
- Neophoma
- Neoramularia
- Neottiospora
- Neta
- Olpitrichum
- Oncopodium
- Oncospora
- Paradendryphiopsis
- Patellina
- Peltasterinostroma
- Penzigomyces
- Perisporium
- Pestalozziella
- Pestalozzina
- Phialea
- Phragmocephala
- Phyllohendersonia
- Pleurotheciopsis
- Pseudodiplodia
- Pseudolachnea
- Pseudopatellina
- Pseudoseptoria
- Pseudotrichoconis
- Pterygosporopsis
- Pycnothyrium
- Radulidium
- Ramulaspera
- Rhexoampullifera
- Rhinocladium
- Roesleriaceae
- Ruggieria
- Schroeteria
- Scolicotrichum
- Septogloeum
- Septosporium
- Septotrullula
- Solosympodiella
- Spermospora
- Sphaeridium
- Sphaeronaema
- Spondylocladiopsis
- Stigmatea
- Stigmella
- Strickeria
- Subulispora
- Taeniolina
- Tetraposporium
- Thoracella
- Thyrostromella
- Titaeospora
- Tretovularia
- Tricellula
- Trichoseptoria
- Trisulcosporium
- Veronidia
- Xylohypha
- Yuccamyces
- Pezizomycotina
- Saccharomycotina
- Taphrinomycotina
- Ascomycota incertae sedis
- Basidiomycota
- Entorrhizomycota