- Capnodiales
- Dothideales
- Englerulaceae
- Microthyriales
- Mycosphaerellales
- Dissoconiaceae
- Dissoconiaceae
- Extremaceae
- Mycosphaerellaceae
- Asperisporium
- Caryophylloseptoria
- Cercospora
- Cercosporella
- Cercosporidium
- Chuppomyces
- Collarispora
- Davidiella
- Didymaria
- Dothistroma
- Exutisphaerella
- Filiella
- Fulvia
- Fusicladiella
- Fusoidiella
- Graminopassalora
- Isariopsis
- Kirramyces
- Lecanosticta
- Microcyclosporella
- Micronectriella
- Mycosphaerella
- Mycosphaerelloides
- Neoacervuloseptoria
- Neocercospora
- Neocercosporidium
- Neoovularia
- Neopassalora
- Neophloeospora
- Neopseudocercosporella
- Neoseptoria
- Nothopseudocercospora
- Nothoseptoria
- Ovularia
- Paracercosporidium
- Passalora
- Periconiella
- Phacellium
- Phaeoramularia
- Phloeospora
- Polythrincium
- Pruniphilomyces
- Pseudocercospora
- Pseudocercosporella
- Ragnhildiana
- Ramularia
- Ramulariopsis
- Rhabdospora
- Rosisphaerella
- Ruptoseptoria
- Scolecostigmina
- Septocylindrium
- Septoria
- Sirosporium
- Sphaerella
- Sphaerulina
- Stromatoseptoria
- Xenoramularia
- Zasmidium
- Zygoseptoria
- Zymoseptoria
- Neodevriesiaceae
- Schizothyriaceae
- Teratosphaeriaceae
- Myriangiales
- Polystomellaceae
- Pseudoperisporiaceae
- Saccardiaceae